OncoOmicsFlow - подход к унификации разнородных баз знаний терапии (OncoKB, CIViC, COSMIC) для персонализированной онкологии. Решение включает в себя два этапа: нормализация данных в единую базу и движок запросов для автоматической генерации приоритизированного клинического отчёта. Работа направлена на сокращение ручного труда, повышение воспроизводимости и стандартизацию интерпретации вариантов

HnRNP A1 является классическим представителем семейства гетерогенных ядерных рибонуклеопротеинов (hnRNP). В норме этот белок участвует в регуляции альтернативного сплайсинга и транскрипции. В случае возникновения мутации в PLD hnRNP A1 перераспределяется из ядра в цитоплазму, с образованием нейротоксичных агрегатов. С их накоплением связано развитие таких нейродегенеративных заболеваний, как лобно-височная деменция . Цель данной работы - получение аптамеров к hnRNP A1 на основе G4.

У части взрослых пациентов с целиакией, несмотря на соблюдение пожизненной безглютеновой диеты, сохраняется выраженный IgA-ответ к бычьему сывороточному альбумину: он выявлен у 22% пациентов с целиакией против 3% в контрольных группах. Значимость работы состоит в том, что обнаруженная анти-БСА серореактивность может влиять на результаты иммуноанализов, что необходимо учитывать при выборе и разработке диагностических тест-систем.

Исследована эволюционная динамика фагорезистентности S. aureus при сокультивации с фагом vB_SauP-436A (Rountreeviridae) методами сравнительной геномики. Выявлены два независимых пути устойчивости: инактивирующая мутация в tarS (утрата рецептора) и миссенс-мутация в arlR (перестройка глобальной регуляции). Полученные данные подчёркивают необходимость учёта многоуровневых механизмов фагорезистентности при разработке стратегий фаговой терапии.

Исследование способов преодоления множественной лекарственной устойчивости рака критически важно, поскольку МЛУ  - главная причина неэффективности химиотерапии и прогрессирования опухолей. В нашей работе рассматриваются Arg/Lys-обогащённые дендримерные катионные пептиды, которые селективно убивают чувствительные и резистентные опухолевые клетки, инактивируя белки-мишени. В работе отражены этапы исследования КП - in silico/ in vitro / in vivo.

Obesity and associated metabolic disorders represent a growing global health burden. And while C57BL/6J mice readily develop diet-induced glucose intolerance, Acomys cahirinus exhibits distinct metabolic adaptations; altered energy regulation and preserved regenerative capacity, suggesting alternative mechanisms of nutrient handling. In our high-fat diet study, Acomys demonstrated its potential as a model to investigate insulin-independent mechanisms that buffer metabolic dysfunction.

При нарушении распознавания сайта терминации транскрипция может продолжаться за пределы аннотированного гена, что приводит к образованию продолженных (Downstream-Of-Gene, DoG) транскриптов – удлиненных форм мРНК соответствующих генов. Изучение данного процесса важно, в том числе, в контексте опухолеобразования. Данная работа была направлена на обнаружение и изучение опухоль-специфичных продолженных транскриптов в качестве нового перспективного источника биомаркеров.

Транспозон-инсерционное секвенирование - это метод изучения функций генов, основанный на создании библиотеки транспозонных мутантов и секвенировании мест вставок. Существующие протоколы в основном ориентированы на Illumina и используют ПЦР-амплификацию для обогащения целевых фрагментов. Мы адаптировали подход для платформы MGI и оптимизировали подготовку библиотек. Также разработан альтернативный гибридизационный метод, позволяющий эффективно выявлять вставки без ложноположительных результатов.

Работа посвящена анализу возрастных изменений протеома головного мозга мышей амилоидной модели болезни Альцгеймера 5xFAD в сравнении с мышами дикого типа. С использованием анализа методами масс-спектрометрии выявлены белки со специфической возрастной динамикой в амилоидной модели патологии, которые могут рассматриваться как потенциальные биомаркеры прогрессирования заболевания.

Ранее нами был охарактеризован новый цистеин-богатый антикоагулянт CRA. У CRA и антистазина из мексиканской пиявки в первичной структуре присутствует характерный паттерн распределения цистеиновых остатков, при этом оба белка состоят из двух таких антистазин-подобных доменов. В результате транскриптомного анализа Hirudo medicinalis был обнаружен паралог CRA - Multiple-CRA, содержащий четыре антистазин-подобных домена и проявляющий антикоагуляционную активность.

Работа посвящена сравнению методов выявления дальней гомологии вирусных белков (главным образом капсидных белков эукариотических вирусов) в метагеномных данных . Основной акцент — на методе PLMSearch, использующем эмбеддинги модели ESM-1b и проекционный слой для быстрого поиска удалённых гомологов по последовательностям. Метод сочетает скорость MMseqs2 с чувствительностью, близкой к структурным подходам, и предлагается для биомониторинга и раннего предупреждения о новых вирусах.

Работа посвящена оценке эффективности генной терапии колбочковой дистрофии (CDSRR) с использованием аденоассоциированного вирусного вектора серотипа 8 (AAV8), несущего ген KCNV2. Актуальность обусловлена отсутствием лечения данного орфанного заболевания. На мышиной модели Kcnv2-KO показано, что введение вектора AAV8.RK.hKCNV2 нормализует функциональные показатели сетчатки и восстанавливает зрительные функции, что обосновывает перспективность применения подхода в клинике.

Дестабилаза - тромболитическое соединение, обнаруженное в секрете слюнных желез медицинской пиявки Hirudo medicinalis. Целью работы стало выявление аминокислот, реализующих лизоцимную и изопептидазную активность дестабилазы, для чего были созданы мутантные формы фермента. В результате подтверждено, что аминокислоты E34 и D46 опосредуют лизоцимную активность, а также показано влияние точечных замен в каталитическом центре на активность белка.

Адгезивно-инвазивные Escherichia coli (AIEC) рассматриваются как один из ключевых микробных факторов, ассоциированных с развитием болезни Крона. Ранее было показано, что взаимодействие белка HU с нуклеоид-ассоциированной РНК naRNA4 приводит к изменению конформации нуклеоида, однако его вклад в регуляцию вирулентных свойств AIEC остается неизученным. Целью настоящего исследования являлась оценка влияния повышения уровня белка HU и naRNA4 в регуляции адгезивно-инвазивных свойств AIEC.

В работе исследовано прогностическое значение опухоль-ассоциированных макрофагов при диффузной В-крупноклеточной лимфоме, согласно которому высокий уровень инфильтрации макрофагами связан с увеличением риска смерти. Продемонстрирована возможность автоматизированной сегментации опухоль-ассоциированных макрофагов на стандартных срезах, окрашенных гематоксилином и эозином с использованием модели глубокого обучения Cerberus, превосходящей базовую модель U-Net по всем ключевым метрикам.

Иммунопептидомика HLA-I является ключевым инструментом для выявления опухоль-специфических неоантигенов — перспективных мишеней для противоопухолевой иммунотерапии. В данной работе применён протеогеномный подход для расширения поискового пространства для данных тандемной масс-спектрометрии, были проанализированы результаты идентификации и предложены алгоритмы фильтрации и оценки достоверности определенных пептидов.

В работе изучаются свойства штамма L.fermentum U-21 в комбинированной ЛПС-лактацистиновой модели болезни Паркинсона у крыс Wistar. Штамм способствует нормализации экспрессии генов drd2 и bdnf в стриатуме, препятствует развитию окислительного стресса, снижает воспаление в печени и кишечнике, модулирует состав микробиоты, препятствует увеличению уровня альфа-синуклеина в тонком кишечнике. Изученные свойства штамма могут быть потенциально полезными в существующей терапии болезни Паркинсона.

Анализ термической стабильности белков в сочетании с масс-спектрометрической детекцией является эффективным подходом для поиска мишеней малых молекул. Работа посвящена совершенствованию метода PISA (Proteome Integral Solubility Alteration) для более точной их идентификации. Мы модифицировали протокол с целью более точного определения истинных мишеней и вторичных биологических ответов низкомолекулярных препаратов в живых клетках на примере ингибитора сплайсинга пладиенолида Б.

Ключевым триггером повреждения сетчатки при возрастной макулярной дегенерации выступает окислительный стресс. На основании образцов пациентов, а также клеточных моделей показано, что высвобождаемый в условиях стресса внеклеточный мобильный цинк может опосредовать патологические эффекты путем связывания с рядом сигнальных факторов, блокируя их активность. В работе изучены механизмы цинк-зависимой дегенерации сетчатки.

Глаукома приводит к необратимой потере зрения. Одним из перспективных направлений исследований дегенерации сетчатки является нарушение гомеостаза внутриклеточного цинка, возникающее на фоне окислительного стресса. В работе впервые продемонстрированы цинк-связывающие свойства ALDH1A1 и их влияние на выживаемость клеток в условиях патологии. Полученные данные позволяют рассматривать ALDH1A1 как новую терапевтическую мишень для лечения глаукомы

Работа посвящена получению эукариотических клеток-продуцентов моноклональных антител к кальцитонин ген-родственному пептиду (CGRP) -  ключевой мишени современной терапии мигрени.

В ходе работы провели серию последовательных иммунизаций мышей линии BALB/c двумя рекомбинантными слитыми с CGRP белками. Осуществили гибридизацию по общепризнанной методике, отобрали гибридные клетки, продуцирующие антитела непосредственно к целевому CGRP, используя двухэтапную методику селекции.

Данная работа посвящена всестороннему изучению отличительных особенностей транскриптома нормальных фибробластов различных органов и тканей под воздействием факторов микроокружения опухоли и терапевтических стимулов на основании биоинформатического анализа большого массива данных РНК секвенирования.

В работе выполнена количественная и структурная оценка экспансии CAG-повторов гена ATXN2 у пациентов со спиноцеребеллярной атаксией 2 типа. С применением фрагментного анализа и секвенирования по Сэнгеру определены длина и внутренняя организация экспансированных аллелей. Полученные данные подтверждают значимость CAA-вставок в структуре CAG-тракта при оценке патогенности аллеля.

Работа направлена на поиск надежных транскриптомных маркеров апоптоза для последующего анализа солидных опухолей методами пространственной транскриптомики. В результате мета-анализа 11 наборов данных РНК-секвенирования опухолевых клеток, обработанных апоптоз-индуцирующими агентами, выявлена сигнатура из 55 генов. Данная сигнатура позволит идентифицировать погибающие клетки на тканевых срезах и изучать механизмы межклеточной коммуникации, влияющие на устойчивость к химиотерапии.

Работа посвящена функциональной и количественной оценке мутантных и кодон-оптимизированных последовательностей фактора свертываемости крови IX человека. Исследование проводится в рамках проекта по разработке генной терапии гемофилии Б на основе AAV. Актуальность работы связана с необходимостью создания безопасной и эффективной терапии гемофилии Б в России.

Профаги Klebsiella pneumoniae и их таксономическое разнообразие изучены с целью поиска полисахарид-деполимераз, способных воздействовать на капсульные структуры бактерии. Предварительная систематизация профагов использована для упорядоченного поиска деполимераз и сопоставления выявленных кандидатов с филогенетически интерпретируемыми группами. Данные показывают, что профаги могут служить перспективным источником таких молекул и основой для дальнейшего отбора и валидации перспективных кандидатов.

Работа посвящена проведению панорамного масс-спектрометрического (МС) анализа фракций плазмы крови для поиска потенциальных биомаркеров шизофрении. Сочетание методов осаждения мажорных белков позволило расширить протеомное покрытие до 925 идентифицированных компонентов и выявить белки-кандидаты в маркеры данного заболевания, связанные с иммуновоспалительными и гемостатическими процессами.

В рамках проекта проведён анализ кишечной микробиоты у пациентов с метастатической меланомой, получавших терапию ингибиторами PD-1, с использованием shotgun-метагеномного секвенирования и биоинформатического пайплайна HUMAnN4 для выявления таксономических и функциональных маркеров ответа на лечение. Были обнаружены статистически значимые различия между группами ответчиков и неответчиков, выделены потенциальные бактериальные и метаболические маркеры.

В последнее время растет необходимость в поиске альтернатив антибиотикам для борьбы с адгезивно-инвазивными E. coli (AIEC) — ключевыми бактериальными патогенами, ассоциированными с развитием болезни Крона. Бактериофаги рассматриваются как идеальные агенты для такой задачи, однако набор охарактеризованных литических фагов против AIEC крайне ограничен. Выделение и детальное изучение новых фагов, активных в отношении AIEC, является важным этапом для создания фаговой терапии этого заболевания.

В работе исследована экспрессия синтетических интрон-содержащих мРНК (про-мРНК) в культурах клеток и in vivo на модели асцитной карциномы Кребс-2. Установлено, что про-мРНК способны к специфичному сплайсингу и трансляции в активно делящихся, в том числе опухолевых клетках, что указывает на потенциал использования интрон-содержащих мРНК для повышения адресности терапии и снижения офф-таргет эффектов при лечении онкозаболеваний.

Разработан прототип биопейсмейкера на основе пациент-специфичных индуцированных плюрипотентных стволовых клеток (ИПСК), трансдифференцированных в кардиомиоциты пейсмейкерного типа, и  клеток HL-1 (с ChR2). Клетки высажены на биодеградируемые волокна с контролируемой деградацией (полураспад ~5,5 суток). Клеточные патчи успешно имплантированы эпикардиально на сердце свиньи в острых in vivo экспериментах, где зарегистрирован эктопический очаг возбуждения, подтверждающий функциональность. 

Антимикробные пептиды представляют собой молекулы, проявляющие бактерицидную активность. В последнее время обнаружено большое количество антимикробных пептидов, которые образуются в процессе деградации или направленного гидролиза природных белков. Одним из возможных источников таких пептидов является дестабилаза медицинской пиявки (Hirudo medicinalis). В данной работе проведено исследование участков дестабилазы на способность проявлять неферментативную антимикробную активность.

Получены функционально зрелые NK-клетки из валидированной линии ИПСК методом направленной дифференцировки без животных компонентов (xeno-free). Методом проточной цитометрии подтверждено образование двух субпопуляций NK-клеток: CD56^bright CD16- и CD56^dim CD16+.

В работе представлена разработка аллергопанели для безмаркерной оптической детекции специфических IgE к аллергенам растений семейства ореховых на биосенсоре EVA 3.0. Предложена новая группа модификаторов чувствительной поверхности биосенсора - полимеры на основе акриловой кислоты, полностью активированные N-гидроксисукцинимидом. Эффективность подхода подтверждена на мышиной модели и сыворотках крови детей с аллергией на кедровые орехи. Полученные результаты коррелируют с методами ИФА и ImmunoCAP

Нарушения терминации транскрипции могут оказывать влияние на разграничение единиц транскриптома и вести к образованию удлиненного 3’-конца РНК. Одним из продуктов такого процесса являются продолженные транскрипты cis-SAGe (cis-Splicing of Adjacent Genes), формирующиеся в результате цис-сплайсинга соседних генов. Данная работа посвящена анализу cis-SAGe-транскриптов в различных типах рака.

Гидроксамовые кислоты используются при комбинированной химиотерапии как вещества, усиливающие действие традиционных противоопухолевых агентов. В работе исследуется влияние двух новых соединений, производных гидроксамовых кислот, и их комбинаций с химиотерапевтическими препаратами на жизнеспособность клеточных линий меланомы B16, аденокарциномы молочной железы Ca755 и неопухолевых клеток FetMSC.

В работе проведён биоинформатический анализ протеомных данных опухолевых и здоровых тканей мозга, полученных методом тандемной масс-спектрометрии с TMT-метками. Обнаружено повышение экспрессии РНК-связывающих белков и компонентов сплайсосомы, а также наличие неканонических протеоформ, включая RAVER1-2.

Работа посвящена разработке микрофлюидного устройства «кишечник-на-чипе», призванного преодолеть ограничения традиционных доклинических моделей (животных и двумерных культур). Основной целью являлось создание геометрической модели, воспроизводящей структуру крипт кишечника человека.

Ключевые этапы работы включают создание микроструктурированного матрикса и оптически прозрачного корпуса, валидацию модели при помощи модельной клеточной культуры.

Работа посвящена изучению неканонического комплекса ремоделирования хроматина SWI/SNF (ncBAP) у D.melanogaster. Получены трансгенные линии мух для РНК-интерференции генов Brd7-9 и Bicra и показано, что длинные двуцепочечные РНК обеспечивают более эффективный нокдаун. Получены антитела к Brd7-9 и проведён анализ состава комплекса. Установлено взаимодействие Brd7-9 с субъединицами SAYP и Brm, но не с CP190. Результаты уточняют состав ncBAP и создают основу для дальнейших омиксных исследований.

В работе представлена апробация двухэтапного протокола генетического тестирования экспансии гексануклеотидных G₄C₂-повторов в первом интроне гена C9orf72 у пациентов с лобно-височной деменцией (ЛВД) и их здоровых родственников. На первом этапе проведён анализ длины ампликонов.  Запланировано проведение RP-PCR для верификации патогенной экспансии. Работа направлена на повышение надёжности диагностики и оценку частоты данного генетического нарушения у российских пациентов с ЛВД.

Изучение роли оси CX3CL1–CX3CR1 в иммуногенном апоптозе и противоопухолевом ответе, индуцированном рекомбинантной осповакциной (IL-15) и TIL-терапией. Мышам линии C57BL/6 моделировали глиобластому клетками GL261. На 5-7 сутки проводилась однократная/двухкратная терапия. Проточной цитометрией изучали субпопуляции иммунных клеток в глиоме. Количественным анализом определяли уровни фракталкина и его рецептора в гомогенатах полушарий экспериментальных и контрольных групп на фоне терапии.

ESR1 mutant MCF7 models screen novel SERDs for endocrine-resistant breast cancer. Western blot/DNA assays/RT-PCR evaluate ERα degradation in early-phase studies. Gold standard adjuvant hormonal therapy faces ESR1 resistance; SERDs offer degradation solution. Full quantitative data/structures post peer-reviewed publication & xenograft validation. 

В работе исследованы белковые компоненты секретома от апоптотирующих донорных клеток аденокарциномы яичника SKOV3, секретируемые в различные временные промежутки в течение 48 часов с момента добавления химиопрепарата. Показано, что фракция 24-48 часов, ассоциированная с пиком активности каспаз 3/7, обладает наиболее выраженным цитопротективным эффектом и обогащена белками сплайсосомы и РНК-метаболизма.