OncoOmicsFlow - подход к унификации разнородных баз знаний терапии (OncoKB, CIViC, COSMIC) для персонализированной онкологии. Решение включает в сеюя два этапа: нормализация данных в единую базу и движок запросов для автоматической генерации приоритизированного клинического отчёта. Работа направлена на сокращение ручного труда, повышение воспроизводимости и стандартизацию интерпретации вариантов

HnRNP A1 является классическим представителем семейства гетерогенных ядерных рибонуклеопротеинов (hnRNP). В норме этот белок участвует в регуляции альтернативного сплайсинга и транскрипции. В случае возникновения мутации в PLD hnRNP A1 перераспределяется из ядра в цитоплазму, с образованием нейротоксичных агрегатов. С их накоплением связано развитие таких нейродегенеративных заболеваний, как лобно-височная деменция . Цель данной работы - получение аптамеров к hnRNP A1 на основе G4.

У части взрослых пациентов с целиакией, несмотря на соблюдение пожизненной безглютеновой диеты, сохраняется выраженный IgA-ответ к бычьему сывороточному альбумину: он выявлен у 22% пациентов с целиакией против 3% в контрольных группах. Значимость работы состоит в том, что обнаруженная анти-БСА серореактивность может влиять на результаты иммуноанализов, что необходимо учитывать при выборе и разработке диагностических тест-систем.

Исследована эволюционная динамика фагорезистентности S. aureus при сокультивации с фагом vB_SauP-436A (Rountreeviridae) методами сравнительной геномики. Выявлены два независимых пути устойчивости: инактивирующая мутация в tarS (утрата рецептора) и миссенс-мутация в arlR (перестройка глобальной регуляции). Полученные данные подчёркивают необходимость учёта многоуровневых механизмов фагорезистентности при разработке стратегий фаговой терапии.

Исследование способов преодоления множественной лекарственной устойчивости рака критически важно, поскольку МЛУ  - главная причина неэффективности химиотерапии и прогрессирования опухолей. В нашей работе рассматриваются Arg/Lys-обогащённые дендримерные катионные пептиды, которые селективно убивают чувствительные и резистентные опухолевые клетки, инактивируя белки-мишени. В работе отражены этапы исследования КП - in silico/ in vitro / in vivo.

Obesity and associated metabolic disorders represent a growing global health burden. And while C57BL/6J mice readily develop diet-induced glucose intolerance, Acomys cahirinus exhibits distinct metabolic adaptations; altered energy regulation and preserved regenerative capacity, suggesting alternative mechanisms of nutrient handling. In our high-fat diet study, Acomys demonstrated its potential as a model to investigate insulin-independent mechanisms that buffer metabolic dysfunction.

При нарушении распознавания сайта терминации транскрипция может продолжаться за пределы аннотированного гена, что приводит к образованию продолженных (Downstream-Of-Gene, DoG) транскриптов – удлиненных форм мРНК соответствующих генов. Изучение данного процесса важно, в том числе, в контексте опухолеобразования. Данная работа была направлена на обнаружение и изучение опухоль-специфичных продолженных транскриптов в качестве нового перспективного источника биомаркеров.

Транспозон-инсерционное секвенирование - это метод изучения функций генов, основанный на создании библиотеки транспозонных мутантов и секвенировании мест вставок. Существующие протоколы в основном ориентированы на Illumina и используют ПЦР-амплификацию для обогащения целевых фрагментов. Мы адаптировали подход для платформы MGI и оптимизировали подготовку библиотек. Также разработан альтернативный гибридизационный метод, позволяющий эффективно выявлять вставки без ложноположительных результатов.

Работа посвящена анализу возрастных изменений протеома головного мозга мышей амилоидной модели болезни Альцгеймера 5xFAD в сравнении с мышами дикого типа. С использованием анализа методами масс-спектрометрии выявлены белки со специфической возрастной динамикой в амилоидной модели патологии, которые могут рассматриваться как потенциальные биомаркеры прогрессирования заболевания.

Ранее нами был охарактеризован новый цистеин-богатый антикоагулянт CRA. У CRA и антистазина из мексиканской пиявки в первичной структуре присутствует характерный паттерн распределения цистеиновых остатков, при этом оба белка состоят из двух таких антистазин-подобных доменов. В результате транскриптомного анализа Hirudo medicinalis был обнаружен паралог CRA - Multiple-CRA, содержащий четыре антистазин-подобных домена и проявляющий антикоагуляционную активность.

Работа посвящена исследованию изменений липидного профиля тканей печени при посмертной деградации тканей. Подобраны оптимальные параметры для обработки масс спектрометрических липидных профилей, благодаря которым удается разделять основные классы липидов, а также их производные, образовавшиеся в процессе деградации ткани. Липиды, меняющиеся в ходе деградации, будут исключены из матриц признаков для построения классификационной модели, разделяющей опухолевые и неопухолевые образцы.

Работа посвящена сравнению методов выявления дальней гомологии вирусных белков (главным образом капсидных белков эукариотических вирусов) в метагеномных данных . Основной акцент — на методе PLMSearch, использующем эмбеддинги модели ESM-1b и проекционный слой для быстрого поиска удалённых гомологов по последовательностям. Метод сочетает скорость MMseqs2 с чувствительностью, близкой к структурным подходам, и предлагается для биомониторинга и раннего предупреждения о новых вирусах.

Работа посвящена оценке эффективности генной терапии колбочковой дистрофии (CDSRR) с использованием аденоассоциированного вирусного вектора серотипа 8 (AAV8), несущего ген KCNV2. Актуальность обусловлена отсутствием лечения данного орфанного заболевания. На мышиной модели Kcnv2-KO показано, что введение вектора AAV8.RK.hKCNV2 нормализует функциональные показатели сетчатки и восстанавливает зрительные функции, что обосновывает перспективность применения подхода в клинике.

Дестабилаза - тромболитическое соединение, обнаруженное в секрете слюнных желез медицинской пиявки Hirudo medicinalis. Целью работы стало выявление аминокислот, реализующих лизоцимную и изопептидазную активность дестабилазы, для чего были созданы мутантные формы фермента. В результате подтверждено, что аминокислоты E34 и D46 опосредуют лизоцимную активность, а также показано влияние точечных замен в каталитическом центре на активность белка.

Адгезивно-инвазивные Escherichia coli (AIEC) рассматриваются как один из ключевых микробных факторов, ассоциированных с развитием болезни Крона. Ранее было показано, что взаимодействие белка HU с нуклеоид-ассоциированной РНК naRNA4 приводит к изменению конформации нуклеоида, однако его вклад в регуляцию вирулентных свойств AIEC остается неизученным. Целью настоящего исследования являлась оценка влияния повышения уровня белка HU и naRNA4 в регуляции адгезивно-инвазивных свойств AIEC.

В работе исследовано прогностическое значение опухоль-ассоциированных макрофагов при диффузной В-крупноклеточной лимфоме, согласно которому высокий уровень инфильтрации макрофагами связан с увеличением риска смерти. Продемонстрирована возможность автоматизированной сегментации опухоль-ассоциированных макрофагов на стандартных срезах, окрашенных гематоксилином и эозином с использованием модели глубокого обучения Cerberus, превосходящей базовую модель U-Net по всем ключевым метрикам.

Иммунопептидомика HLA-I является ключевым инструментом для выявления опухоль-специфических неоантигенов — перспективных мишеней для противоопухолевой иммунотерапии. В данной работе применён протеогеномный подход для расширения поискового пространства для данных тандемной масс-спектрометрии, были проанализированы результаты идентификации и предложены алгоритмы фильтрации и оценки достоверности определенных пептидов.

В работе изучаются свойства штамма L.fermentum U-21 в комбинированной ЛПС-лактацистиновой модели болезни Паркинсона у крыс Wistar. Штамм способствует нормализации экспрессии генов drd2 и bdnf в стриатуме, препятствует развитию окислительного стресса, снижает воспаление в печени и кишечнике, модулирует состав микробиоты, препятствует увеличению уровня альфа-синуклеина в тонком кишечнике. Изученные свойства штамма могут быть потенциально полезными в существующей терапии болезни Паркинсона.

Анализ термической стабильности белков в сочетании с масс-спектрометрической детекцией является эффективным подходом для поиска мишеней малых молекул. Работа посвящена совершенствованию метода PISA (Proteome Integral Solubility Alteration) для более точной их идентификации. Мы модифицировали протокол с целью более точного определения истинных мишеней и вторичных биологических ответов низкомолекулярных препаратов в живых клетках на примере ингибитора сплайсинга пладиенолида Б.

Ключевым триггером повреждения сетчатки при возрастной макулярной дегенерации выступает окислительный стресс. На основании образцов пациентов, а также клеточных моделей показано, что высвобождаемый в условиях стресса внеклеточный мобильный цинк может опосредовать патологические эффекты путем связывания с рядом сигнальных факторов, блокируя их активность. В работе изучены механизмы цинк-зависимой дегенерации сетчатки.

Глаукома приводит к необратимой потере зрения. Одним из перспективных направлений исследований дегенерации сетчатки является нарушение гомеостаза внутриклеточного цинка, возникающее на фоне окислительного стресса. В работе впервые продемонстрированы цинк-связывающие свойства ALDH1A1 и их влияние на выживаемость клеток в условиях патологии. Полученные данные позволяют рассматривать ALDH1A1 как новую терапевтическую мишень для лечения глаукомы

Работа посвящена получению эукариотических клеток-продуцентов моноклональных антител к кальцитонин ген-родственному пептиду (CGRP) -  ключевой мишени современной терапии мигрени.

В ходе работы провели серию последовательных иммунизаций мышей линии BALB/c двумя рекомбинантными слитыми с CGRP белками. Осуществили гибридизацию по общепризнанной методике, отобрали гибридные клетки, продуцирующие антитела непосредственно к целевому CGRP, используя двухэтапную методику селекции.

Данная работа посвящена всестороннему изучению отличительных особенностей транскриптома нормальных фибробластов различных органов и тканей под воздействием факторов микроокружения опухоли и терапевтических стимулов на основании биоинформатического анализа большого массива данных РНК секвенирования.

В ходе исследования проведен количественный и структурный анализ CAG-тракта гена ATXN2 у пациентов с спиноцеребеллярной атаксией 2 типа. Полученные данные подчеркивают значимость CAA-вставок в экспансированном аллеле для оценки его патогенности и интерпретации генетических результатов.

Работа направлена на поиск надежных транскриптомных маркеров апоптоза для последующего анализа солидных опухолей методами пространственной транскриптомики. В результате мета-анализа 11 наборов данных РНК-секвенирования опухолевых клеток, обработанных апоптоз-индуцирующими агентами, выявлена сигнатура из 55 генов. Данная сигнатура позволит идентифицировать погибающие клетки на тканевых срезах и изучать механизмы межклеточной коммуникации, влияющие на устойчивость к химиотерапии.