Целью работы являлось определение минимальной достаточной длины геномных фрагментов для достоверного построения филогенетических деревьев для (-)РНК-вирусов. В результате исследования установлено, что фрагменты длиной от 3000 нуклеотидов обеспечивают такую же точность топологии дерева, как и полногеномные последовательности, что подтверждено для вирусов парагриппа, бешенства, РСВ и кори. 

В работе представлена реализация полного цикла (End-to-End) обработки данных секвенирования третьего поколения для клинической диагностики ВИЧ-1 с использованием программно-аппаратного комплекса (ПАК) Onsiteseq. Разработанный ПАК объединяет автоматизированный биоинформатический конвейер и гибридные нейросетевые архитектуры. Комплекс решает  фундаментальную задачу - высокоточную классификацию специфичных для Российской Федерации субтипов вируса (A6, CRF63_02A6)

Работа посвящена сравнительной геномной характеристике 10 новых штаммов Faecalibacterium prausnitzii и оценке их фармабиотического потенциала. Показано значительное генетическое разнообразие, наличие метаболического ядра синтеза КЦЖК и относительно низкий уровень генов вирулентности и лекарственной устойчивости, что подтверждает перспективность отдельных штаммов как кандидатов в фармабиотики.

Исследована применимость геномных языковых моделей для построения векторных представлений фрагментов геномов вирусов. Сформирован сбалансированный датасет на основе ICTV, получены латентные представления моделей DNABERT-2, DNABERT-S, ViraLM и Evo2 и сделано сравнение со спектром k-мер. Качество оценено по precision@5 и ARI. Показано преимущество геномных языковых моделей и наилучшие результаты для промежуточных слоев, включая новые вирусы.

Целью работы являлись разработка и апробация биоинформатического пайплайна tb-lite для анализа Illumina-геномов Mycobacterium tuberculosis. С использованием разработанного пайплайна проанализировано более 80 000 геномов из базы NCBI. Показана его применимость для определения филогенетических линий, анализа лекарственной устойчивости, выявления контаминаций, вставочных последовательностей IS6110 и крупных делеций (RD).

В данной работе были произведены адаптация параметров алгоритма BSBolt для корректной обработки данных mC-to-T конверсии, в частности инвертирование логики вызова метилирования так, чтобы замена C → T в ридах интерпретировалась как наличие метилирования и валидация полученных профилей метилирования путём сравнения с данными классического WGBS для одного и того же биологического образца.

В работе была исследована активность компактной РНК-направляемой нуклеазы Cas12f1: показана эффективность направленного разрезания, сопоставимая с ферментом Cas9, подтверждена возможность точной интеграции протяженных и коротких последовательностей в целевые сайты генома, что позволяет использовать нуклеазу Cas12f1 в различных аспектах геномного редактирования и для разработки генотерапевтических препаратов.

В работе была разработана тест-система для диагностики хромосомных транслокаций и геомных интеграций. Программируемая нуклеаза Cas12a, генерирующая двуцепочечные разрывы ДНК с образованием липких концов, была использована для таргетного обогащения целевых локусов при подготовке библиотеки для нанопорового секвенирования. Подход был валидирован на ПЦР-ампликонах и геномной ДНК человека. Метод снижает фоновый шум и повышает экономическую эффективность детекции структурных вариаций генома.

Работа посвящена разработке интегративного подхода к оценке пробиотического потенциала лактобацилл на основе метагеномных данных микробного сообщества фермерского домашнего сыра. Проведен поиск генетических маркеров, ассоциированных с пробиотическими свойствами, выполнена предварительная оценка биобезопасности. Результаты демонстрируют неоднородность пробиотического потенциала внутри сообщества и подтверждают перспективность метагеномного подхода для скрининга пробиотических штаммов.

В рамках данной работы была построена модель ионной динамики клеток вентрикулярных кардиомиоцитов мыши с термочувствительным ионным каналом, описывающая поведение данных клеток при быстром локальном изменении температуры. Объяснены механизмы температурной стимуляции клеток и исследована область параметров модели, задающая классический вид формы потенциала действия, характерный для вентрикулярных кардиомиоцитов. 

Целью данной работы является построение модели машинного обучения для диагностики заболеваний и их сочетаний на основе концентраций жирнокислотных соединений в крови пациентов.

Обучение и валидация различных архитектур нейросетей разметке левого предсердия, сравнение толщины стенок для полученных разметок с ручными разметками и прочих метрик, таких как объём полости, объём ткани, топологические свойства, посчитать ошибку сетки при наложении случайного шума - т.е. "устойчивость".

В работе выполнен анализ аллелей генов HLA человека и мутаций вируса гепатита B как факторов, влияющих на риск развития цирроза печени и гепатоцеллюлярной карциномы при хроническом гепатите В, что открывает возможности для их раннего прогнозирования.

Сплайсинг пре-мРНК является одним из ключевых процессов регуляции экспрессии генов и часто значительно изменен в опухолевых клетках. В связи с этим, ингибирование сплайсосомы представляет собой перспективный подход к разработке противоопухолевой терапии. В данной работе мы провели комплексный транскриптомный анализ данных опухолевых клеток под действием различных модуляторов сплайсинга с целью определить клеточные процессы, которые могут угнетаться при ингибировании сплайсинга.

Данная работа посвящена исследованию того, как изменения в активности транскрипционных факторов (ТФ) определяют переход клетки из одного состояния в другое: от нормальной дифференцировки к пролиферации или смене фенотипа, в частности, в гепатоцеллюлярной карциноме и мелкоклеточном раке легкого. С помощью программы MARADONER на базе байесовской регрессии были выявлены ключевые семейства ТФ, определяющие пластичность клеточного состояния в норме и при онкотрансформации.

Сформирована и расширена база данных лямбда-подобных бактериофагов за счёт предсказанных профагов из геномов Escherichia coli (214 профагов), выполнена кластеризация на основе белковых эмбеддингов и построено филогенетическое дерево. Показано, что даже внутри одной клады фаги несут различные защитные системы, что указывает на их локализацию в вариабельных геномных участках. Обнаружены ранее не охарактеризованные белки, вероятно обладающие защитными функциями.