Получение нового ферментного препарата рекомбинантной D-лактатдегидрогеназы c His-tag на С-конце. Очистка и определение его кинетических свойств.

В работе описаны пять новых бактериофагов Klebsiella grimontii, для которых охарактеризованы морфология, одностадийный цикл размножения и геномные особенности, а также определено их таксономическое положение.

В данной работе нанопризмы серебра синтезировали фотохимическим методом и проводили их комплексную характеристику. Исследовали влияние типа поверхностного покрытия на коллоидную стабильность наночастиц. Кроме того, оценивали специфичность взаимодействия наночастиц, функционализированных распознающими молекулами аффибоди, с различными клеточными линиями. Было выявлено, что нанопризмы обладают значительным потенциалом для применения в качестве агентов для биовизуализации и фототермической терапии.

Проведенное исследование выявило различия между Bet v 1 и Aln g 1, которые могут быть опосредованы отличиями формы гидрофобной области или сайтов связывания, что может влиять на процесс сенсибилизации иммунной системы за счет переноса различных лигандов аллергенами. Полученные данные демонстрируют также, что, вероятно, образование димера улучшает способность белка взаимодействовать с IgE пациентов с аллергией из-за конформационных изменений в структуре аллергена.

В работе синтезированы и охарактеризованы 6 пептидов Q11- и CATCH-типа с заряженными вариантами. Гидрогели с фибриллярной структурой образуются только при смешивании комплементарных пар (K/E) при pH 7,0 за счет электростатических, гидрофобных взаимодействий и водородных связей, формирующих β-складки. В составе гидрогеля пептиды значительно устойчивее к химотрипсину, чем свободные молекулы, что подтверждает защитную роль самоорганизации и перспективность материалов для имплантируемых систем.

В данной работе впервые получены новые формы рибофлавина (РФ), синтезируемые из водного раствора исходного рибофлавина типа А в зависимости от градиента температуры. Обнаружено, что высокий градиент температуры приводит к уменьшению длины кристаллов, а низкий к значительному увеличению их латеральных размеров. Изменяются также и морфологические особенности полученных кристаллов РФ, физико-химические и антибактериальные свойства

Определение понятий биопленочного фенотипа на примере  E.coli, сравнение фенотипа клеток в биопленке и геле(СГГ)

Работа посвящена анализу полярной фракции ликвора и плазмы крови, что позволило выявить метаболические профили, отличающие черепно-мозговую травму от других нейроповреждений (субарахноидального кровоизлияния и нейровоспаления). Показано, что при ЧМТ характерным образом изменяется уровень ряда аминокислот, цитрата, лактата, мочевины и других метаболитов.

Синтез миксмеров ПНК, содержащих как aeg-, так и γ-(ce)-мономеры, на MBHA-смоле по модифицированному Вос-протоколу. Подбор и оптимизация условий отщепления олигомера с носителя и удаления постоянных защитных групп уретанового типа в нуклеиновых основаниях.

Цель работы: Получение и очистка функционально активного рекомбинантного фрагмента белка TDP-43 без аффинных тагов для изучения его роли в патологическом образовании амилоидов.

В работе впервые предложена схема с хроматографической очистки фрагмента белка TDP-43 в денатурирующих условиях на всех стадиях, функциональная активность которого была подтверждена в реакции затравочной амплификации (SAA) c заведомо положительным образцом и Thioflavin-T в режиме реального времени.

Разработка алгоритма молекулярного докинга на основе графовых нейронных сетей

Созданы экспрессионные конструкции, кодирующие митохондриальные ААА-протеазы SPG7/AFG3L2, YME1L, LONP1 и ClpР/Х в бактериальных клетках. Оптимизированы методики экспрессии, выделения и очистки препаратов в аналитических и препаративных количествах. Проведена характеристика активности ААА-протеаз измерением гидролитической активности пептидных субстратов LLVY, RLR, LLE, PAL, AAF и PepTBE. Проведен анализ биологической активности митохондриальных протеаз на примере их вклада в гидролиз МВР.

В работе разработаны мультиклеточные сфероиды из HER2-положительных опухолевых клеток и фибробластов, воспроизводящие микроокружение опухоли. Для оценки действия таргетных и цитотоксических препаратов применялись МТТ-тест в 2D, флуоресцентная визуализация жизнеспособности и миграции клеток, а также конфокальная микроскопия для анализа проникновения препаратов. Полученные данные демонстрируют перспективность такой модели для изучения лекарственной резистентности и тестирования терапии.

Вольфрамин является ключевым регулятором экспорта GPI-заякоренного белка Lynx1, который модулирует ток через канал α7-никотинового ацетилхолинового рецептора. Дефицит вольфрамина в клетках глиобластомы U251 MG приводит к накоплению Lynx1 в ЭПР и запускает каскады ЭПР-стресса по PERK- и IRE1-опосредованным механизмам.

В работе исследована антимикробная активность экстрактов (этилацетатного, бутанольного, хлороформного) погруженной культуры Pleurotus citrinopileatus. Выявлено, что все экстракты подавляли рост Staphylococcus aureus (наибольшую эффективность показал бутанольный экстракт) и ряда тест-культур грибов, но не действовали на Klebsiella pneumoniae. Спектр активности зависел от типа экстрагента и коррелировал с различиями в метаболических профилях по данным хроматографии.

Рецептор подобный рецептору инсулина (IRR) – это рецепторная тирозинкиназа, которая активируется средой с щелочным pH. IRR является внеклеточным щелочным сенсором, участвующим в регуляции кислотно-щелочного баланса. В данной работе определяется роль аминокислотных остатков в эктодомене R87, K413 и S516 в активации рецептора подобного рецептору инсулина. 

В работе исследована антифунгальная активность экстрактов культуральной жидкости базидиомицета Pleurotus citrinopileatus. Культуральную жидкость, полученную при выращивании на двух средах, последовательно экстрагировали этилацетатом. Экстракты проявили умеренную активность в отношении большинства тест-культур и выраженную против дерматофита Nannizzia gypsea. Активность против Aspergillus fumigatus зафиксирована только для одной среды. Сделан вывод о достаточности однократной экстракции.

В ходе разработки сплит-системы на основе ранее полученного в нашей лаборатории флуороген-активирующего белка nanoFAST (98 а.о.) было установлено, что его N-фрагмент, состоящий из 87 аминокислот, самостоятельно способен связывать флуороген арилиден-имидазолонового ряда HBR-DOM2 с развитием флуоресцентного сигнала. Данная работа посвящена оптимизации свойств N-фрагмента белка nanoFAST в качестве флуоресцентной метки.

Результаты  исследований спектральных свойств, внутриклеточной локализации и токсичности демонстрируют перспективность применения многослойных полимерных капсул в качестве носителей для доставки фотосенсибилизаторов.

В ходе работы была определена внутриклеточная локализация инкапсулированного фотодитазина. Было показано, что фотодитазин в составе капсул в 4-5 раз токсичнее свободного фотодитазина; инкапсуляция фотодитазина приводит к изменению его спектральных свойств.

Разработка и верификация экспрессионных векторов, кодирующих полноразмерный GAD67 (67 кДа) и его C-концевой фрагмент (33 кДа), для получения рекомбинантных белков в системе E. coli.

В ходе исследования механизма действия β-шпилечного антимикробного пептида Rip-2 из клопа Riptortus pedestris была выявлена причина его высокой активности в отношении Escherichia coli и других клинически значимых грамотрицательных бактерий.

Разработаны и охарактеризованы анионные и катионные липосомы как адъюванты для рекомбинантного аллергена пыльцы полыни Art v 3. Анионные липосомы обеспечили более высокую эффективность инкапсуляции белка и коллоидную стабильность по сравнению с катионными. Наиболее перспективными для дальнейших исследований стали анионные липосомы с соотношением белок : липид 0,6, обеспечивающие высоку эффективность инкапсуляцию и стабильность при хранении.

Хлорный канал GtACR2 является перспективным инструментом стимуляции нейронов, позволяя проводить более точную во времени неинвазивную стимуляцию по сравнению с другими широко используемыми методами. В данной работе проводится сравнение реакции клеток на стимуляцию с использованием GtACR2 и электрической внеклеточной стимуляцией (выбранной в качестве референса) для уточнения механизмов действия канала и выявления условий применимости данного метода.

Целью настоящей работы было исследование эффективности связывания новой системы коммерческой смеси куркумина на основе биосовместимого амфифильного сополимера N-винилпирролидона с (ди)метакрилатами нового поколения (КПК – куркумин-содержащая полимерная композиция) с молекулами белка методом флуоресцентной спектроскопии по тушению собственной флуоресценции бычьего сывороточного альбумина (БСА), а также исследование влияния КПК на процесс неферментативного гликирования БСА.

Работа посвящена разработке платформы на основе наночастиц ферритина для создания антибактериальных вакцин, функционализированных пептидными лигандами для иммунотаргетинга. 

   Ванилоид-связывающий сайт (VBP) канала TRPV1 в физиологических условиях занят фосфатидилинозитолом (PI), который стабилизирует закрытое состояние канала и вытесняется при активации. Методами возмущения свободной энергии рассчитана относительная свободная энергия связывания PI и фосфатидилсерина с VBP. Полученное значение $$∆∆G=5.3\pm 0.4$$ ккал/моль подтверждает термодинамическую предпочтительность PI, что согласуется с его регуляторной ролью.

Берберин – изохинолиновый алкалоид растительного происхождения. Он имеет большой потенциал в регуляции гомеостаза глюкозы. Механизм  действия берберина недостаточно изучен.

Рецептор инсулина – трансмембранный рецептор, который регулирует гомеостаз глюкозы, и при дегенеративных условиях может привести к диабету.

В данной работе исследуется взаимодействие производных берберина с трансмембранным доменом рецептора инсулина, и определяются паттерны этого взаимодействия. 

Биопленки патогенов ESKAPE устойчивы к терапии благодаря полисахаридному матриксу, синтезируемому комплексом protABCD. В работе получены функционально активные образцы protB, пригодные для структурных исследований, и созданы конструкции для изучения мембранных компонентов. Определение структуры комплекса необходимо для разработки ингибиторов биопленкообразования.

Интратуморальная доставка наночастиц рассматривается как перспективная стратегия, позволяющая достичь высокой локальной концентрации. Однако эффективность данного подхода ограничена неравномерным распределением и быстрым выведением наночастиц из опухолевой ткани. Целью данной работы являлось изучение влияния различных полимерных покрытий на поведение золотых наночастиц после интратуморального введения.

В работе исследуется влияние физико-химических свойств наночастиц на их сенсибилизирующие свойства. Проанализирована возможность использования плазмонных наночастиц в качестве агентов для фототермальной и фотодинамической видов терапий.