В данной работе исследовалось влияние процессированных псевдогенов на точность аннотации SNPs в данных WGS.

В данной работе была реализована математическая модель гликолиза бактерии на основе системы обыкновенных дифференциальных уравнений. Была исследована способность модели симулировать сложные метаболические процессы.

Работа посвящена анализу микобиома человека и его изменению на фоне COVID-19. 

В данной работе проведен подробный описательный анализ иммунных репертуаров периферической крови большой когорты здоровых пациентов, агрегированной из открытых источников. Данные были получены из образцов цельной крови пациентов при полной эктракции РНК.

Определена структура репертуаров для разных возрастных групп. Кроме этого определены изменения метрик репертуара с возрастом.

В данной работе проводится биоинформатическое исследование маркеров метастазирования, задействованных в перестройке актинового цитоскелета, а так же изучение их как мишеней для таргетной терапии. 

Работа посвящена поиску биологических маркеров микробиоты кишечника человека, связанных с эффективностю лечения онкологических заболеваний методом иммунотерапии, а также разработке нового подхода к анализу микробного состава кишечника и созданию прототипа модели прогнозирования исходов лечения на основе выявленных биомаркеров для персонализации подхода и повышения эффективности лечения с помощью иммунотерапии.

В данном исследовании была разработана комплексная модель микроокружения опухолей эндометрия на основе экспрессионных сигнатур и микробиома для точного прогнозирования рисков заболевания и подбора оптимальной терапии. Полученные опухолевые портреты могут быть использованы для более персонализированного подхода к лечению рака эндометрия.

В работе рассматривается значимость пост-трансляционных модификаций белков для развития одной из самой распространенной формы деменции — болезни Альцгеймера. Особое внимание уделяется неферментативному дезамидированию белков по аспарагину и глутамину. Здесь мы приводим методику работы с масс-спектрометрическими данными при идентификации ПТМ, мимикрирующих под химические модификации, а также приводим список белков, которые потенциально участвуют в развитии патологии.

Чтобы внести вклад в развитие методов борьбы с малярией, опирающихся на работу с геномными элементами, обуславливающими способность комаров Anopheles sp. распространять Plasmodium sp., мы создали пайплайн для количественного анализа таргетных последовательностей в геномах. Анализ показал, что ДНК-сателлиты, транспозоны и Y-хромосомные гены, открытые у представителей комплекса A. gambiae, отсутствуют у других представителей рода Anopheles. 

В данной работе проводился биоинформатический анализ данных динамического изменения транскриптома и протеома для выявления ключевых регуляторов ферроптоза при запуске клеточной гибели различными способами. Выявленные молекулярные особенности при блокировке различных элементов антиоксидантной системы клетки могут помочь в понимании механизмов окислительного стресса и нейродегенераций.

В данной работе был осуществлен поиск мутаций, приводящих к появлению de novo сайтов связывания транскрипционных факторов, проанализировано их влияние на эпигеном и пространственное взаимодействие с генами. Были определены наиболее перспективные для дальнейшего исследования SNP, потенциально обладающие функциональным эффектом.

Применение корреляционного анализа в поиске стимулов для обнаружения и исследования малоизученных генов, потенциально имеющих важную биологическую функцию.

В данной работе проводилась оценка влияния взаимодействия алгоритма динамического исключения прибора с алгоритмами количественного анализа белков в скорострельной DDA протеомике.

Реализована модель генерации искусственных транскриптомов по методу Монте-Карло. Произведено сравнение транскрипционных профилей гетерогенного образца в виде линеной комбинации экспрессий отдельных клеток и с помощью метода Монте-Карло. Улучшена точность предсказаний результатов цитометрии на реальных данных для модели деконволюции, обученной на сгенерированных данных по принципу Монте-Карло.

В рамках работы были детально исследованы на уровне single-cell RNA-seq бета-клетки взрослой здоровой поджелудочной железы и инсулином. Выявленная гетерогенность данного клеточного типа позволила провести композиционный анализ и обнаружить различную представленность популяций в норме и патологии. Также было проведено сравнение с эмбриональными данными и изучено самообновление.

Экстракорпоральное оплодотворение (ЭКО) является популярным и быстро развивающимся методом преодоления бесплодия, однако эта процедура может оказывать сильное влияние на метаболизм потомков. В рамках данной работы сравнивались по циркадной динамике две группы мышей линии С57Bl/6, полученные естественным путем и с помощью ЭКО. По результатам анализа был сделан вывод, что у мышей группы ЭКО наблюдается нарушение общей регуляции процессов со стороны нервной системы, а также ритма сна-бодрствования.

В данной работе представлено исследование, направленное на создание и апробацию неинвазивного портативного устройства для мониторинга уровня гликированного гемоглобина (HbA1c). Разработка основана на использовании рамановской спектроскопии с последующей обработкой данных при помощи нейронной сети прямого распространения (FFNN). Полученные результаты показали высокую корреляцию между спектральными данными и уровнем HbA1c, валидированные посредством сравнения с ВЖЭХ.

Резистентность к иммунотерапии — критическая проблема в лечении меланомы кожи, причинами которой являются механизмы избегания опухолью иммунного надзора. Работа посвящена мультиомиксному подходу для всестороннего изучения этих процессов. Это позволило нам выявить подтипы меланомы, ассоциированные с улучшенной выживаемостью, что может способствовать разработке более эффективных стратегий иммунотерапии.

В работе изучаются молекулярные детерминанты, определяющие аффинность малых молекул к активному центру белка тканевой трансглутаминазы человека, а также собирается библиотека новых потенциальных ингибиторов этого белка. Новые соединения показывают сравнительно высокую аффинность к белку при исследовании методом молекулярного докинга.

В данной работе мы изучили открытые данные пациентов, проходящих терапию таксанами и получили набор дифференциально экспрессированных генов и дифференциально активированных сигнальных путей между ответчиками и неответчиками на терапию. После этого из этих наборов были составлены и валидированы подписи ответа на терапию.

В данном исследовании был сгенерирован синтетический набор каунтовых данных. Этот набор данных был использован для оценки производительности четырех наиболее широко используемых алгоритмов обнаружения дифференциальной экспрессии. Анализ был направлен на оценку качества и надежности результатов, полученных при использовании этих алгоритмов.

Исследование влияния фибротических повреждений в модели предсердной ткани с точки зрения электрофизиологических характеристик кардиомиоцитов пациента

Предложены вакцины-кандидаты, которые представляли собой небольшие полипептиды, подходящие для рекомбинантной экспрессии в качестве слитых белков. Отобранные белки обладали хорошими физико-химическими свойствами и высокой структурной стабильностью, что обеспечивало их успешную продукцию в бактериальной системе экспрессии, а также продемонстрировали хорошие антигенный потенциал в отношении активации обоих ветвей (клеточной и гуморальной) иммунного ответа.

В данной работе мы представляем улучшение и обобщение алгоритма ранжирования потенциальной эффективности известных тирозинкиназных ингибиторов в контексте определенного типа или подтипа онкологических заболеваний

 В работе описывается динамика клеточных популяций раневой ткани Acomys cahirinus на ранних этапах заживления, по сравнению с раневой тканью мыши линии Balb/c. Анализ осуществлялся посредством метода единоклеточного секвенирования РНК.

Анализ долгосрочной динамики (2017-2021гг.) структуры розничного потребления антигипертензивных и гиполипидемических препаратов в 4-х регионах РФ с различными климатогеографическими условиями (Краснодарский край, Омской, Рязанской областях, Республике Карелия) на соответствие клиническим рекомендациям по артериальной гипертензии у взрослых и нарушениям липидного обмена.

Данная работа посвящена определению механизмов действия экспериментального противоопухолевого лекарства с помощью экспресс-профилирования протеомов. Посредством количественного анализа данных ультрабыстрой хроматомасс-спектрометрии были выявлены ингибируемые препаратом биологические процессы, что позволило выдвинуть гипотезу о механизме действия лекарства.

В рамках данной работы, с помощью усовeршeнствованного пакетa CODfinder, был проведен глобальный анализ паттернов совместной экспрессии генов и поиск кластеров близлежащих генов, экспрессия которых коррелирует с экспрессией гена SCAP у больных аденокарциномой протоков поджелудочной железы.

Работа посвящена изучению экономической целесообразности применения пангенотипных схем лечения хронического гепатита С в Российской Федерации. Результаты работы позволят выбрать оптимальную схему лечения данного заболевания с целью минимизации затрат и максимизации результатов терапии.

При помощи различных моделей машинного обучения были проанализированы пациенты, госпитализированные в период с апреля 2020 года по август 2022 года с диагнозом подтвержденной коронавирусной инфекции, с целью выявления биомаркеров, оказывающие наибольший вклад по модулю в наступление психопатологических состояний

Цель: изучить представителей ретровирусов семейства HERV-K HML-3 и HML-5, измерить уровень экспрессии при рассеянном склерозе и в норме. Для достижения этой цели были поставлены следующие задачи: Получить последовательности ретровирусов подсемейств HERV-K HML-3 и HML-5 в геноме человека. Оценить сохранность генов pol, gag и env в обнаруженных  ретровирусах. Кластеризовать последовательности по степени их схожести. Подсчитать уровень экспрессии при рассеянном склерозе и в норме.

Недавно в геноме Arabidopsis thaliana был обнаружен ген AT4G00980, который предположительно является доместицированной версией гена GAG из LTR ретротранспозона.

Для изучения его возможных функций нами был использован метод VIGS для сайлесинга гена AT4G00980.  Доставка этого вектора в растения Arabidopsis была осуществлена путем инфицирования бактериями Agrobacterium tumefaciens.

Спустя 10 дней после инфицирования мы наблюдали изменения в морфологии растений.